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掘进过程中，沧渊号需穿越多种复杂地质带，特别在穿越长江及两岸大堤时，沉降需控制在毫米级，掘进难度极大，且江中地质勘探覆盖区域有限，未知区域多。

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此外，调查还发现了3个中国新记录属，10个中国新记录种，1个福建省新记录属，63个福建省新记录种，进一步摸清了武夷山国家公园生物资源宝库家底。

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