掘进过程中，沧渊号需穿越多种复杂地质带，特别在穿越长江及两岸大堤时，沉降需控制在毫米级，掘进难度极大，且江中地质勘探覆盖区域有限，未知区域多。
位于上海的国家蛋白质科学研究设施，自2015年建成以来，一直对全球科研机构用户免费开放。
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